全所設有院湖泊沉積與環(huán)境開放實驗室、湖泊資源與環(huán)境研究室、太湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)研究站、流域管理與模擬研究室、地理信息系統(tǒng)與地圖研究室。