前身是私立金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院和國立中央大學(xué)農(nóng)學(xué)院。1952年與浙江大學(xué)農(nóng)學(xué)院部分系科合并為南京農(nóng)學(xué)院。1972與當(dāng)時(shí)蘇北農(nóng)學(xué)院合并成立江蘇農(nóng)學(xué)院，1979恢復(fù)為南京農(nóng)學(xué)院。1984年改名為南京農(nóng)業(yè)大學(xué)。